Alignment Report M2 - ClustalV (PAM250) : Saturday, April 03, 2004 4:33 PM P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K Majority ------------------+-------------------+-------------------+-------------------+- 10 20 30 40 ------------------+-------------------+-------------------+-------------------+- 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K mab99C 1 P T R N G W E C R C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K mab99D 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K mab97B 1 P T R N G W E C R C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K mab98F 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K mab99F 1 P T R N G W E C R C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K mab99E 1 P T R N G W E C R C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K mab98H 1 P T R N G W E C K C S G S S D P L V I 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S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D H L F F K A/Ann Arbor/6/60 1 P T R N E W G C R C N D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Brevig_Mission/1/18 1 P T R N G W E C K C S G S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Chicken/California/431/2000 1 H T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Chicken/California/905/2001 1 P T R N E W E C K C S G S N D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Chicken/Hongkong/317.5/2001 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L A I A A S I V G I L H L I L W I L D R L F F K A/Chicken/New York/6777-3/97 1 P T R N G W E C R C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Chicken/Korea/38349-p96323/96 1 P T R D G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Chicken/Pennsylvania/13552-1/98 1 P T R N G W E R K C S D S S D P L T V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Chicken/Pennsylvania/13609/93 1 P T K N E W E C R C N D S S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Fort Monmouth/1/47 1 P I R N E W G C R C N D S S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Guangdong/39/89 1 P I R N E W G C R C N D S S D P L V V A A S I I G I L H F I L W I L D R L F F K A/Korea/426/68 1 P I R N E W G C R C N D S S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Leningrad/134/57 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Oystercatcher/Germany/87 1 L T R N G W E C R C S D S S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Pheasant/Hongkong/FY294/2000 1 L T R N G W E C K C S D S S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Quail/Hongkong/SF550/2000 1 P I R N E W G C R C N D S S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Shiga/25/97 1 P T R N G W E C R Y S D S S D P L V I A A N I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Swine/Germany/8533/91 1 P I R N E W G C K C N D S S D P L V A V A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Swine/Iowa/17672/88 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Turkey/California/189/66 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Turkey/Minnesota/833/80 1 P I R N E W G C K C N D S S D P L V A A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Turkey/North Carolina/1780/88 1 P T R D G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Turkey/Pennsylvania/7975/97 1 P I R N E W G C R C N D S S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Udorn/72 1 P I R N E W G C R C N D S S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/USSR/90/77 1 P I R N E W G C K C N D S S D P L V A A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Wisconsin/4755/94 1 P T R N G W E C R C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Anas Acuta/Primorje/695/79 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Budgerigar/Hokkaido/1/77 1 P T R N G W E C S C S D S S D P L V I A A S I I G I L H F I L W I L D R L F F K A/Chicken/FPV/Weybridge/34 1 L T R N G W G C R C S D S S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Chicken/Hongkong/220/97 1 P T R N G W G C R C S G S S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Chicken/Hongkong/g9/97 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Chicken/Mexico/31382-7/94 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Chicken/New York/13142-5/94 1 L T R N G W E C K C S D S S D P L I I A A S I I G I L H L I L W I F Y R L F F K A/Chicken/Pennsylvania/1370/83 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Duck/Bavaria/2/77 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Duck/Hongkong/698/79 1 H T R N G W G C R C S D S S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Duck/Hongkong/y280/97 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Emu/Texas/39924/93 1 P T K N E W E C K C S D S S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Goose/Guangdong/1/96 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Mallard/Wisconsin/169/75 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Mallard/New York/6750/78 1 L T R N G W G C R C S D S S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Quail/Hongkong/g1/97 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Quail/Arkansas/16309-7/94 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Quail/Arkansas/29209-1/93 1 P T R N G W E C K Y S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Shearwater/Australia/1/72 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Shorebird/Delaware/9/96 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Turkey/Oregon/71 1 L T R N G W G C R C S D S S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Hongkong/156/97 1 P I R N E W G C R C N D S S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Memphis/8/88 1 P I R N E W G C R C N D S S D P L V I A A N I I E I L H L I L W I L D R L F F K A/WSN/33 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Swine/Hongkong/168/93 1 P T R N E W G C R C N D S S D H I T I A A K F I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Swine/Iowa/15/30 1 P T K N G W E C R C S D S S D P L V T A A S I I G I L H P I L W I L D R L F F K A/Swine/Netherland/25/80 1 P T R N G W G C R C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Swine/Germany/2/81 1 P I K S G W E C R C N D S S D L L V A I A S I T G I L H L I L W I F D R L F F K A/Equine/Praque/1/56 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Equine/Miami/63 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Equine/Kentucky/81 1 P T R N G W E C K C D D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L S F K A/Equine/Jilin/1/89 1 P T R N G W E C K C S G S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Equine/Tennessee/5/86 1 P T R N G W E C K C S D S S D P L V I A A S I I G I L H L I L W I F D R L F F K rtde98D 1 P I R N E W E C R C S G S S D P L V A A S N I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Swine/North Carolina/35922/98 1 P I R N G W E C K C N D S S D P L I A A A S I I G I L H L I L W I L D R L F F K A/Swine/Texas/4199-2/98 C I Y R R L K Y G L K R G P S T E G V P E S M R E E Y R Q E Q Q S A V D V D Majority ------------------+-------------------+-------------------+----------------- 50 60 70 ------------------+-------------------+-------------------+----------------- 41 C I Y R R L K Y G L K R G P S T E G V P E S M R E E Y R Q E Q Q S A V D V D mab99C 41 C I Y R R F K Y G L K R G P S T E G V P E S M R E E Y R Q E Q Q S A V D V D mab99D 41 C I Y R R L K Y G L K R G P S 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